Instituto de Pesquisa do Milênio, um escritório de aconselhamento onde chegam pedidos bizarros. O chefe do instituto de pesquisa, Ichirou Umoregi, também conhecido como "Akuma-kun", um garoto gênio que aparece apenas uma vez a cada 10.000 anos. No entanto, ele não conhece sua verdadeira família. Assim, Akuma-kun, junto com seu parceiro Mephisto III, persegue o mistério de sua origem enquanto desafia casos misteriosos nesta misteriosa história de detetives parceiros.