Beast Wars II conta a história de uma batalha entre a equipe de Cybertrons (Maximals) de Lio Convoy e o exército de Destrons (Predacons) de Galvatron no planeta Gaia. Enquanto Lio Convoy e Galvatron lutam pela misteriosa fonte de energia conhecida como Energia Angolmois, muitas ocorrências estranhas e propriedades misteriosas da Energia Angolmois começam a surgir.