O mundo é controlado por uma organização secreta chamada Chronus. Sob o comando desta misteriosa organização estão os "Chrono Numbers", um grupo de poderosos assassinos que matam de acordo com a vontade da organização. Um dos mais poderosos assassinos é "Número XIII", Train Hartnett ou simplesmente Black Cat. Ele sempre foi um assassino frio e cruel, até encontrar uma caçadora de recompensas que o mudou completamente. Agora como caçador de recompensas, Train viaja com seus parceiros caçando criminosos procurados.