Quando a tragédia está prestes a acontecer, Satoru Fujinuma se vê enviado de volta alguns minutos antes do acidente. O distante artista de mangá de 29 anos tem se aproveitado desse fenômeno poderoso, porém misterioso, que ele chama de "Revival", para salvar muitas vidas.

No entanto, quando ele é acusado injustamente de assassinar alguém próximo a ele, Satoru é enviado de volta ao passado mais uma vez, mas desta vez para 1988, 18 anos no passado. Logo, ele percebe que o assassinato pode estar conectado ao sequestro e morte de uma de suas colegas de classe, a solitária e misteriosa Kayo Hinazuki, que ocorreu quando ele era criança. Esta é sua chance de consertar as coisas.

Erased acompanha Satoru em sua missão de descobrir o que realmente aconteceu 18 anos atrás e impedir a morte de sua colega de classe, protegendo aqueles com quem ele se importa no presente.