A U.A. deve reconquistar a confiança do público após o ataque surpresa dos vilões durante a sessão de treinamento da turma 1-A. Embora alguns dos professores tenham ficado gravemente feridos no ataque, Izuku "Deku" Midoriya e seus colegas devem continuar a aprender e treinar, e utilizar suas individualidades em diversos ambientes e circunstâncias. Boku no Hero Academia: Sukue! Kyuujo Kunren! acompanha a turma 1-A enquanto eles tentam finalmente completar seu treinamento. No entanto, há uma figura mascarada rondando o centro de treinamento. Será que os vilões responsáveis pelo incidente anterior retornaram para terminar o trabalho? Se sim, os estudantes estão prontos para revidar?