Em meio aos corredores da Academia Shinyo, boatos sobre uma entidade sobrenatural enigmática, conhecida como Boogiepop, se espalham entre as estudantes. Dizem que Boogiepop é um shinigami que assassina as pessoas no auge de sua beleza, antes que seu encanto desapareça. Poucos conhecem sua verdadeira natureza: um guardião que, em períodos de dormência, manifesta-se como o alter ego de uma colegial chamada Touka Miyashita para combater os 'inimigos do mundo'. Agora, uma série de desaparecimentos misteriosos – que a escola presume serem apenas fugas – faz com que Boogiepop desperte. Mas em algum lugar da academia, uma criatura ameaçadora se esconde, esperando o momento oportuno para atacar. Boogiepop wa Warawanai explora sutilmente as associações intrínsecas entre os seres humanos e sua percepção do tempo, enquanto mergulha nas complexas relações, emoções, memórias e passados de seus personagens .