Clannad: Mou Hitotsu no Sekai, Tomoyo-hen se passa em uma realidade alternativa onde Tomoya Okazaki namora sua colega de série mais nova, Tomoyo Sakagami. Tomoyo foi eleita a próxima Presidente do Conselho Estudantil da escola. Esta é uma ótima notícia, pois ela pode agora trabalhar para seu objetivo de impedir que as cerejeiras da escola sejam derrubadas. Embora Tomoya esteja eufórico por ela, dada sua reputação de delinquente na escola, seu relacionamento com Tomoyo está tornando-os alvo de fofocas pelo campus, o que pode potencialmente comprometer sua posição como Presidente do Conselho Estudantil. A desaprovação da comunidade escolar em relação ao relacionamento deles se torna mais aparente quando o Vice-Presidente do Conselho Estudantil e até mesmo a administração da escola alertam Tomoya para se afastar de Tomoyo. Com a atmosfera ruim ampliando a distância entre Tomoya e Tomoyo, Tomoya sucumbirá à pressão social e fará o que eles dizem, ou o amor deles um pelo outro superará tudo?