A trama se desenrola nas proximidades da ilha de Hachijo-jima, onde engenheiros de diversas partes do mundo se reuniram para a operação do "Pacific Buoy", uma instalação offshore projetada para interligar sistemas de vigilância policial global. O local serve como palco para o teste de uma tecnologia de reconhecimento facial que promete mudar o cenário da segurança internacional.

Durante uma visita à ilha, Conan e os Detetives Mirins são alertados por Subaru Okiya sobre o assassinato de um agente da Europol na Alemanha, executado por Gin, da Organização Negra. A situação escala rapidamente quando Conan infiltra a instalação e descobre que uma engenheira foi sequestrada pela organização criminosa. Com informações sensíveis em mãos inimigas e uma ameaça direta pairando sobre Ai Haibara, Conan se vê no centro de um confronto perigoso contra as sombras que buscam eliminar qualquer vestígio de seu passado.