Muitos anos se passaram desde que Naota e Haruhara Haruko se aventuraram juntos. Enquanto isso, a guerra entre as duas entidades conhecidas como Mecânicas (Medical e Fraternity) se espalha pela galáxia. Hidomi, uma jovem adolescente que esta desacreditada de sua vida pacata, conhece sua nova professora "Haruko" ue acabou de ser transferida para a escola. A Medical Mechanica está atacando a cidade e Hidomi descobre um segredo dentro dela que pode salvar a todos, um segredo que apenas Haruko pode desvendar.