Os irmãos Edward e Alphonse Elric têm um terrível passado. Quando eram apenas crianças foram abandonados pelo pai e criados apenas pela mãe que morreu poucos anos depois. Na tentativa de ressuscitá-la, eles usaram uma técnica proibida de alquimia, mas a experiência dá errado: Edward perde uma perna e Alphonse, o corpo inteiro. Para salvar a alma do irmão, Edward sacrifica um braço e a prende em uma armadura antiga. Seguindo os conselhos do Tenente-Coronel Roy Mustang do exército dos alquimistas federais, os irmãos se tornam alquimistas do Estado e partem em busca da Pedra Filosofal, que pode ajudá-los a recuperar o que perderam.