Quando os monstros Dopants, que usam o poder da Gaia Memory, começam a operar na cidade ventosa de Fuuto, o jovem Shotaro torna-se assistente do detetive Narumi Soukichi e passa seus dias perseguindo-o. Shotaro, que nada sabe sobre Soukichi, que secretamente trabalha como Kamen Rider Skull além de seu trabalho de detetive, fica cada vez mais frustrado. Um dia, um novo caso chega à Agência de Detetives Narumi, levando Shotaro e sua equipe a uma noite fatídica.