Após o desfecho do caso do "Homem que Ri", a Seção 9 é oficialmente reativada pela nova Primeira-Ministra, Youko Kayabuki, para conter uma onda crescente de crimes cibernéticos. O foco da equipe, liderada por Motoko Kusanagi, volta-se para a organização terrorista "Os Onze Individuais", que utiliza táticas extremistas para exigir direitos aos refugiados da Terceira Guerra Mundial que buscam asilo no Japão.

Enquanto investigam a ameaça, Kusanagi, Batou e Aramaki percebem que a crise dos refugiados e os atos terroristas estão interligados por uma conspiração política profunda. A presença constante de Kazundo Gouda, um estrategista do Serviço de Inteligência do Gabinete, levanta suspeitas de que a Seção 9 está sendo manipulada em um jogo de poder que pode levar o país a um novo conflito armado.