Yuuta Takemoto, um estudante do segundo ano em uma faculdade de artes, divide um apartamento barato com dois veteranos: o excêntrico Shinobu Morita, que continua reprovando devido ao seu absenteísmo, e o sensato Takumi Mayama, que age como um veterano adequado para Takemoto, muitas vezes cuidando dele.

Takemoto não tinha pensado muito sobre seu futuro até um belo dia de primavera, quando ele conhece a adorável Hagumi Hanamoto e se apaixona à primeira vista. Incrivelmente talentosa nas artes, Hagumi se matricula na universidade de Takemoto e logo faz amizade com a popular estudante de cerâmica Ayumi Yamada. Ayumi já conhece bem os três colegas de apartamento e secretamente nutre sentimentos profundos por um deles.

Honey and Clover é uma história emocionante sobre juventude, amor, busca pela alma e autodescoberta, intrincadamente tecida através das complexas relações entre cinco queridos amigos.