Devido a escolhas de estilo de vida nada saudáveis, o corpo de um certo humano está em constante turbulência. Com germes, bactérias e substâncias estranhas em abundância, o trabalho das várias células se torna cada vez mais difícil e perigoso. Como alguns dos desafortunados que amadureceram neste ambiente caótico, o glóbulo vermelho AA2153 e o glóbulo branco U-1196 se esforçam para cumprir seus deveres – mesmo que isso signifique ver muitos de seus companheiros células perderem suas vidas no cumprimento do dever.

Ambientado em um ambiente muito diferente de sua história original, Cells at Work! Code Black retrata as lutas das células enquanto tentam manter a saúde do corpo. No entanto, a condição do humano continua a se deteriorar, e se esses esforços resultarão em algo concreto ou não, depende das células!