Uma série de suicídios estranhamente semelhantes ocupa as manchetes dos jornais no Japão do final dos anos 90. Em meio a todas as semelhanças bizarras, há um detalhe que se destaca acima dos demais: as vítimas tiraram suas vidas saltando do edifício Fujou, uma estrutura abandonada e em ruínas que se eleva sobre a cidade. Shiki Ryougi, uma garota de coração frio vivendo em um apartamento vazio, suspeita que esses eventos sinistros têm uma causa sobrenatural. Possuindo um poder místico, Shiki trabalha para investigar os incidentes ao lado de Touko Aozaki, uma detetive que faz bonecas e é especializada em magia, e seu amigo Mikiya Kokotou, que trabalha como assistente de Touko. Shiki desvenda o mistério enquanto se aventura por um mundo enigmático para descobrir os segredos sombrios que cercam o estranho fenômeno.