Ayumu Aikawa é um estudante de 16 anos que é tragicamente assassinado enquanto investiga uma casa suspeita. No entanto, ele logo acorda ao lado de uma estranha garota de armadura chamada Eucliwood Hellscythe. Ela se revela uma necromante que reviveu Ayumu, consequentemente transformando-o em um zumbi! Agora imortal, Ayumu sai para caçar seu assassino. Um dia, enquanto procurava em um cemitério, ele encontra uma jovem barulhenta chamada Haruna, que está lutando contra um urso com uma motosserra enquanto vestida como uma garota mágica. Depois que ela mata a besta, Haruna tenta apagar as memórias de Ayumu dela, mas ele absorve sua magia para si. Despojada de seus poderes, Haruna agora ordena que Ayumu assuma seu papel de caçar criaturas estranhas conhecidas como "Megalos", monstros que vagam pelo mundo humano e aterrorizam a população. Kore wa Zombie Desu ka? segue as travessuras diárias do humano transformado em zumbi Ayumu enquanto ele começa sua nova e ridícula vida onde o sobrenatural se torna a norma .