Segundo filme de Ghost in the Shell: Arise. Liberta de suas responsabilidades com a Organização 501, Motoko Kusanagi deve agora aprender a receber ordens de Aramaki. Alguém hackeia os Logicomas, e Batou recruta a ajuda do ex-oficial de inteligência do exército Ishikawa e do ex-especialista em artilharia aérea Borma. Kusanagi também busca recrutar o atirador de elite Saito e o policial disfarçado Paz para a nova Seção 9 de Segurança Pública. Os dois grupos rivalizam entre si em um caso envolvendo um homem que recebe falsas memórias de uma operação de transporte de refugiados.