Kurokami conta a história de um rapaz que é envolvido numa batalha entre um tipo de espírito com superpoderes chamado Mototsumitama. Tudo começa numa noite quando Keita, programador de Jogos, conhece Kuro, um mototsumitama de nível superior com aparência de uma rapariga sem-abrigo. Por estar passando fome, Keita, gentilmente oferece a sua comida para Kuro, mas enquanto come sofre um ataque de um homem misterioso.