Ambientado três anos antes da série de TV, o episódio zero acompanha a missão de Hiroomi Nase para subjugar o infame Akihito Kanbara, meio-humano e meio-youmu. Curiosa sobre a missão, a irmã mais nova de Hiroomi, Mitsuki, o acompanha, e os irmãos encontram Akihito pela primeira vez. No entanto, eles logo descobrem que não são os únicos procurando por Akihito, e assim começa a história de Kyoukai no Kanata.