Yuuno Scrya é um mago de um planeta distante que tenta consertar o problema que começou quando as Jewel Seeds foram acidentalmente espalhadas ao redor do mundo. Numa tentativa falha de selar uma seed propriamente, ele vaga pela Terra na forma de um furão. No entanto, sua batalha não acabará até que ele alcance a Terra e ele precisará que alguém sele as seeds para ele. Takamachi Nanoha ouve seu chamado telepático por ajuda e vai ao seu encontro para ajudá-lo. Quando lhe é dado uma pérola mágica conhecida como Raising Heart ela é capaz de se transformar na Magical Girl Lyrical. Para ajudar Yuuno ela precisará selar as 21 Jewel Seeds, mas Fate irá interferir para impedir que Nanoha realize seu objetivo.