No alvorecer do século XXI, a magia, antes relegada ao folclore e contos de fadas, tornou-se uma tecnologia sistematizada e é ensinada como uma habilidade técnica. Na Primeira Escola Superior, a instituição para magos, os alunos são segregados em dois grupos com base em suas notas no exame de admissão: os "Flores", que obtêm notas altas, são designados para o Primeiro Curso, enquanto os "Ervas Daninhas" são alunos reservas designados para o Segundo Curso.

"The Irregular at Magic High School" acompanha os irmãos Tatsuya e Miyuki Shiba, que estão matriculados na Primeira Escola Superior. Ao fazer o exame, a prodigiosa Miyuki é colocada no Primeiro Curso, enquanto Tatsuya é relegado ao Segundo Curso. Embora suas notas no teste prático e seu status como uma "Erva Daninha" mostrem que ele é inepto magicamente, ele possui conhecimento técnico extraordinário, capacidades de combate físico e técnicas mágicas únicas, tornando Tatsuya o irregular em uma escola secundária mágica.