Dez anos atrás, o cientista vilão Dr. Hell liderou seus seguidores perversos, conhecidos como Império Subterrâneo, em uma batalha para destruir toda a humanidade. Foi contra essas forças que o jovem herói Kouji Kabuto lutou, pilotando o lendário super-robô "Mazinger Z". A vitória de Kouji deteve o plano maligno do Dr. Hell e trouxe a paz de volta à Terra. Agora, Kouji deixou a cabine de piloto e se tornou um cientista por mérito próprio, seguindo os passos de seu pai e avô. No entanto, um encontro inesperado nas profundezas do Monte Fuji desencadeia uma ameaça ainda maior para a humanidade do que nunca e altera o destino de Kouji para sempre. Com o destino da humanidade em suas mãos, Kouji e Mazinger Z enfrentam uma escolha entre o bem e o mal.