Kurokami Medaka, estudante do primeiro ano, é eleita como presidente do conselho estudantil, e a primeira coisa que ela faz é estabelecer uma caixa de sugestões, mais tarde apelidada pelos alunos por "Medaka Box". Medaka incentiva os alunos a apresentarem qualquer problema para a caixa sem hesitação e promete resolver qualquer problema que lhe foi informado.

Desde que Medaka ganhou as eleições como membro do Conselho com 98% dos votos, ela acaba sendo a única membro do conselho, então ela pede a seu amigo de infância, Hitoyoshi Zenkichi, para ajuda-la, assim tornando-o um novo membro do Conselho de Estudantil. Logo Medaka recrutas mais duas pessoas para o conselho, o ex-membro do clube de judô Akune Kouki como secretário e a atual membro do clube de natação Kikaijima Mogana, por empréstimo de ¥ 300 por dia, como tesoureira.

Agora os membros do Conselho Estudantil passam os dias solucionando os problemas apresentados pela Medaka Box.