O ano é 21XX. Os Reploids são uma realidade comum, após o Dr. Cain redescobrir o antigo laboratório do Dr. Light e basear diversos designs no protótipo original do Dr. Light, chamado 'Megaman X'. Enquanto isso, X se juntou aos Maverick Hunters e trabalha com o líder da unidade Zero, sob o comando do General Sigma. Sua missão é eliminar Reploids desonestos, aqueles que se tornaram violentos.