No seu aniversário de 14 anos, Anna Akechi encontra uma fada mágica e, de repente, viaja no tempo de 2027 para 1999! Lá, ela faz amizade com Mikuru, uma garota espirituosa que sonha em se tornar detetive. Quando roubos misteriosos despertam rumores sobre os Ladrões Fantasma, as duas se transformam em Detetives Precure, usando coragem, dedução e amizade para resolver casos e desvendar o segredo da jornada de Anna através do tempo.