Sete anos após a Guerra de Um Ano - mostrada em Mobile Suit Gundam - um grupo denominado AEUG (Anti-Earth Union Group - algo como Anti-Governo Unido da Terra) nasce secretamente entre os membros da Federação e dos escombros do Arquiducado de Zeon. O levante surge como resposta aos Titãs, facção militar contra-revolucionário, de linha fascista, liderados pelo General-Brigadeiro Blex Forer disposto a caçar os últimos remanescentes de Zeon ou de qualquer movimento que exija igualdade entre spacenoids e earthnoids. Entre os membros mais ativos da AEUG está o tenente Quattro Bajeena, um disfarce do capitão Char Aznable.

A história começa a ser narrada pelo ponte de vista do adolescente civil Kamille Bidan, cujos pais são engenheiros que trabalham para a Federação da Terra e para os Titãs. Kamille, que vive na Colônia de Green Noa, acaba se integrando as forças anti-federação durante um ataque lançado por Quattro para capturar um novo protótipo de mobile suit, o Gundam MKII.