Mushi são formas de vida primordiais, situadas além da compreensão humana comum, que não são nem plantas nem animais. Invisíveis para a maioria das pessoas, esses seres frequentemente cruzam o caminho dos humanos, gerando fenômenos inexplicáveis e situações delicadas. É nesse cenário que surge Ginko, um Mushishi — um mestre viajante dedicado a estudar essas criaturas e mediar os conflitos que surgem quando o mundo natural e o sobrenatural se chocam.

Com um estilo de vida nômade, Ginko percorre o Japão de uma era indefinida, investigando casos onde a presença dos Mushi causa estranheza ou sofrimento. Ele não busca exterminá-los, mas sim entender o delicado equilíbrio entre essas existências e a vida humana, atuando como um observador imparcial que tenta curar feridas invisíveis e restaurar a harmonia, muitas vezes deixando para trás lições sobre aceitação e o ciclo natural das coisas.