Dois anos e meio se passaram desde que Naruto Uzumaki deixou a Aldeia da Folha para um treinamento intensivo, motivado por eventos que o fizeram desejar ser mais forte. Agora, a Akatsuki, uma misteriosa organização de ninjas renegados de elite, se aproxima de seu grande plano, que ameaça a segurança de todo o mundo shinobi.

Apesar de mais velho e com eventos sombrios no horizonte, a personalidade de Naruto pouco mudou — ele continua agitado e um tanto infantil. No entanto, agora está muito mais confiante e possui uma determinação ainda maior para proteger seus amigos e seu lar. Aconteça o que acontecer, Naruto seguirá lutando pelo que é importante para ele, mesmo que precise sacrificar seu próprio corpo na continuação da saga do garoto que sonha em se tornar Hokage.