Tóquio está passando por um período de chuvas que parecem intermináveis, afetando o ritmo de vida de todos os seus habitantes. Em meio a esse dilúvio constante, chega Hodaka Morishima, um estudante que fugiu de casa e luta para se sustentar financeiramente, acabando por conseguir um emprego em uma pequena editora. Ao mesmo tempo, a órfã Hina Amano também se esforça para encontrar trabalho e cuidar de seu irmão mais novo.

Os destinos dos dois se entrelaçam quando Hodaka tenta resgatar Hina de homens suspeitos, e ambos decidem fugir juntos. Logo depois, Hodaka descobre que Hina possui um poder estranho e impressionante: a habilidade de invocar o sol sempre que ela ora por ele. Tendo em mente o clima incomum de Tóquio, Hodaka vê o potencial dessa habilidade e sugere que Hina se torne uma "garota do tempo" — alguém que pode trazer o sol para as pessoas nos momentos em que elas mais precisam.

No início, tudo parece dar certo para eles. Contudo, é sabido que grandes poderes sempre vêm acompanhados de um preço muito alto a se pagar...