Enquanto continuam sua jornada pela região de Johto, Satoshi e seus amigos visitam Altomare, uma cidade insular que sedia um evento anual de corrida chamado Corrida Aquática Pokémon. Enquanto Takeshi e Kasumi se divertem, coisas estranhas parecem estar acontecendo com Satoshi — ele de alguma forma perde a corrida aquática, vê algumas mulheres atacarem uma garota com seus Pokémon e, apesar de eles a salvarem, a garota mais tarde nega ter visto Satoshi e Pikachu antes!

Afortunadamente para Satoshi, sua confusão se esclarece quando ele descobre que a garota que ele e Pikachu salvaram antes era, na verdade, um Pokémon chamado Latias, que gosta de se disfarçar como sua amiga humana, Kanon. Latias e outro Pokémon, Latios, são conhecidos como os Pokémon Eon, pois habitam e protegem Altomare junto com uma esfera azul mística chamada Orvalho da Alma. Uma antiga lenda de Altomare está altamente conectada aos Pokémon Eon e ao Orvalho da Alma, e é bem conhecida entre os moradores locais — assim como entre as primeiras agressoras de Latias, as irmãs ladras Zanner e Lyon. Conforme as ladras tentam capturar tanto os Pokémon Eon quanto o Orvalho da Alma, Satoshi é forçado a agir para impedi-las de trazer desastre para Altomare.