Dr. Yung, um enigmático cientista Pokémon, desenvolveu um novo sistema Mirage que usa dados de computador para ressuscitar Pokémon extintos, como Kabutops e Armaldo. Professor Carvalho, Ash e seus companheiros aparecem na Mansão Mirage a convite do Dr. Yung, e assistem a uma demonstração das capacidades da máquina. No meio de uma batalha entre o Pokémon Mirage do Dr. Yung e Ash, a máquina enlouquece e um Aerodactyl Mirage surge e sequestra o Dr. Yung. Um homem que se autodenomina 'O Mestre Mirage' aparece e anuncia a todos que o Sistema Mirage pode ser usado para criar Pokémon sem absolutamente nenhuma fraqueza. Ash, Misty e Professor Carvalho lutam para deter o louco e escapar com suas vidas.