No ano de 2011, Masamichi Haru se prepara para mais um mergulho junto com seu amigo Eiichirou Kushima, mas a visão de estranhas bolhas vermelhas é a última coisa que ele vê. 50 anos depois, Haru acorda num mundo completamente diferente do que ele conhecia, as pessoas do mundo atual são comandadas por um sistema chamado Metal, que é na verdade, criação do seu amigo Eiichirou Kushima. Nessa nova era, as memórias das pessoas são armezanadas no sistema Metal, tornando a privacidade algo difícil de ser mantido nesse mundo. Para proteger as informações e memórias guardadas no sistema existem os chamados mergulhadores cibernéticos, que mergulham no sistema para corrigir eventuais problemas e evitar invasões no sistema Metal. Masamichi Haru vai se tornar um desses mergulhadores e tentar se adaptar a esse mundo estranho no qual ele acordou.