"Unkown" é um inimigo misterioso que apareceu de repente há muito tempo. Como contramedida, a "Agência Evolucionária de Desenvolvimento Ferroviário" (“Evolutionary Railway Development Agency”, ou ERDA) desenvolveu o "Shinkalion", robôs que se transformam em trens-bala, para se preparar para a ameaça. Taisei Ohnari, um estudante do segundo ano do ensino médio, se transfere para a Escola Secundária Shinkai Gakuen em busca de pistas sobre sua irmã mais velha, que desapareceu há dois anos. Só então, Unkown aparece pela primeira vez em 10 anos. Acontece que Taisei tem um alto grau de aptidão como piloto de Shinkalion e é forçado a tomar a decisão de combatê-lo. Qual é a verdadeira natureza de Unkown e qual é o seu propósito? Qual é a verdade que vem à tona no final da luta?