Vivendo nos destroços de um velho avião enferrujado nas cintilantes praias da Ilha do Sul, Sonic the Hedgehog e seu amigo Miles "Tails" Prower não têm preocupações no mundo. O presidente do Planeta Liberdade convoca urgentemente a dupla, mas o problema surge quando Sonic e Tails encontram o inútil Dr. Eggman relaxando em seu escritório como se fosse dele. Embora Sonic preferisse deter Eggman e seguir com seu dia, o doutor afirma não ter novos planos para dominação mundial. Ele, em vez disso, implora por ajuda: o gerador que alimenta a cidade natal de Eggman, Eggmanland, foi sequestrado e sobrecarregado por uma ameaça misteriosa. Se deixado sem atenção, ele explodirá, levando consigo as casas de Eggman e de Sonic. Concordando relutantemente na remota chance de Eggman estar dizendo a verdade, Sonic e Tails partem para o abismo — onde um inimigo desconhecido, mas estranhamente familiar, os aguarda.