Os Gamilans enfrentam seu maior obstáculo até agora: seu planeta está morrendo em um ritmo alarmante. Para salvar seu povo e realocá-los para uma terra habitável, Aberdt Desler finge submissão ao domínio opressor do planeta Galman, que abriga uma raça quase idêntica aos Gamilans. O verdadeiro objetivo de Desler é assumir o controle e acelerar a salvação de sua nação. No entanto, enquanto os Gamilans iniciam sua migração, uma força massiva não identificada os ataca e deforma completamente seu planeta gêmeo, Iscandar, o lar da Rainha Starsha. Enquanto isso, a Terra celebra o sucesso da magnífica Nave de Batalha Espacial Yamato e de sua tripulação heroica. Uma nova geração de recrutas promissores se junta à Yamato e às suas duas novas naves de apoio, lideradas por Yuki Mori e Shirou Sanada. Mas nem todos concordam com as decisões passadas de seu capitão, Susumu Kodai. Durante a missão de treinamento de seis meses da Yamato e um encontro diplomático com os Gamilans, a tripulação fica sabendo da recente catástrofe e, contra todas as ordens, Kodai comanda a frota para Iscandar a fim de ajudar os refugiados sobreviventes.