Existem dois mundos, inconscientes da existência do outro. Esses mundos sobrevivem competindo pelo uso de mana. Os seres mais importantes nestes mundos são conhecidos como os "escolhidos". Esses escolhidos devem ir em uma jornada para despertar os Espíritos Invocadas adormecidas, derrotar os sênios e restaurar o mana. Lloyd Irving e seus amigos Colette Brunel, o Escolhido de Sylvarant, e Genis Sage, o garoto mais inteligente de Iselia partem em uma jornada com Kratos, um misterioso mercenário e Raine, irmã de Genis. Ao longo do caminho, eles fazem mais amigos e descobrem a verdade por trás da Regeneração Mundial. Baseado no jogo de vídeo com o mesmo nome.