A chocolatier Chocolat Aikawa e seu enigmático conhecido, Cacao Theobroma, administram uma loja chamada Chocolat Noir, famosa por seus chocolates artesanais especiais, conhecidos por realizar desejos de forma milagrosa. Diversos indivíduos com problemas se veem diante da loja, em busca de sua mercadoria, mas esses chocolates são caros: cada cliente deve pagar com seu bem mais precioso. Embora Chocolat pareça ser uma mulher sem problemas próprios, devido à sua habilidade de realizar desejos, por trás de sua fachada misteriosa, há uma jovem angustiada que ainda não resolveu uma questão de seu passado.