No ano de 2199, a humanidade está à beira da extinção. A superfície terrestre tornou-se um deserto radioativo, devastado pelos implacáveis bombardeios do Império Gamilas, forçando os sobreviventes a se esconderem em cidades subterrâneas. A esperança surge de uma fonte inesperada: uma mensagem vinda do distante planeta Iscandar, oferecendo uma tecnologia capaz de reverter a radiação e restaurar a vida na Terra.

Para buscar essa salvação, a Força de Defesa da Terra transforma os destroços do antigo encouraçado Yamato em uma nave espacial de última geração, equipada com o revolucionário Motor de Impulso de Ondas. Sob o comando do veterano Capitão Juuzou Okita, uma tripulação composta por jovens talentos e oficiais experientes parte em uma perigosa missão de 168 mil anos-luz através do cosmos, enfrentando o poderio militar de Gamilas em uma luta desesperada contra o tempo.