O mundo foi transformado pela súbita aparição de monstros conhecidos coletivamente como dragões. Em pouco tempo, garotas conhecidas como “D” nasceram com poderes dos dragões. Um menino chamado Mononobe Yuu é o único “D” do gênero masculino, embora a sua existência seja mantida em segredo. Ele é forçado a se inscrever em Midgar, uma escola para garotas “D”, onde ele vê a estudante Iris nua. Além disso, ele se reencontra com sua irmã mais nova, Mitsuki, com que a muito tempo esteve separado.