Ao recuperar a consciência, Yui Furukawa descobre que o dia atual é 13 de julho, um ponto de partida que ela nunca havia vivenciado antes. Contudo, apesar das circunstâncias desconhecidas, ela decide passar as férias de verão com os outros membros do Clube de Astronomia na vila da família de Nagisa Hanamiya. A casa e seus arredores possuem uma rica história: uma cientista renomada, bisavó de Nagisa, pesquisou e desenvolveu tecnologia na fábrica militar próxima. Enquanto o Clube de Astronomia se diverte na praia, uma tempestade repentina interrompe seus planos. Sem outra opção, o grupo se abriga na fábrica abandonada, o que os leva a explorar um bunker subterrâneo escondido. O que eles encontram lá pode revelar uma conexão sem precedentes com um futuro perdido.