Zetman conta a estória de Jin, um garoto de rua criado por um senhor que ele chama de vovô, que após estranhos eventos que culminam com a morte do vovô acaba por descobrir que ele não é um humano normal, e tudo indica que ele é fruto de um projeto secreto denominado Z.E.T , da Corporação Amagi. Mas o que ele realmente é, e quais seus verdadeiros poderes?