Yuri Otani, uma aluna do sexto ano, é eleita por sua turma para ser uma das três integrantes da "Patrulha Alienígena" da Escola Primária 9, ao lado das "Caçadoras de Alienígenas" Kumi Kawamura e Kasumi Tomine. A expectativa é que elas capturem, preferencialmente sem matar, quaisquer alienígenas que invadam o terreno da escola. Auxiliando-as nessa tarefa estão a orientadora Megumi Hisakawa e alienígenas simbióticos chamados "Borg", que se fixam à cabeça de seus hospedeiros para protegê-los do perigo. O principal motivo pelo qual Yuri detesta fazer parte da Patrulha Alienígena é seu medo de extraterrestres. Se ela não desmaia completamente ao vê-los, seu pavor a paralisa, impedindo-a de cumprir sua função. Dessa forma, Kumi, Kasumi e o Borg de Yuri precisam compensar suas falhas. A Sra. Hisakawa informa às garotas que, quanto melhor elas se fundirem com seus Borgs, mais eficazes serão em seu trabalho. Mas haveria outra razão por trás da existência da Patrulha Alienígena e da relação entre as garotas e os Borgs?