Na primavera de 1998, Kouichi Sakakibara, de 15 anos, acaba de se mudar para a cidade de Yomiyama, onde está prestes a frequentar a escola de ensino médio local, Yomiyama North. No entanto, quando uma antiga lesão ressurge, ele é internado no hospital, o que o leva a perder a primeira semana de aula. Embora se recupere rapidamente, antes de receber alta, ele conhece Mei Misaki, uma garota estranha com um tapa-olho, cujos modos enigmáticos despertam um sutil interesse no rapaz. Em Yomiyama North, Kouichi é colocado na Turma 3-3. Contudo, sob a atmosfera aparentemente inocente, ele percebe o comportamento estranho da turma: todos parecem tensos e vigilantes em relação às ações de Kouichi. Além disso, Mei é uma aluna da mesma turma, mas tanto colegas quanto professores não demonstram qualquer consideração por ela, como se ela simplesmente não existisse. Embora mais estranhezas surjam e mais perguntas apareçam, ninguém está disposto a dar a Kouichi qualquer resposta. Sem muitas opções a não ser aliviar sua crescente curiosidade, Kouichi começa a procurar Mei em busca de ajuda, ignorando os avisos da turma e os dela própria.