O céu noturno nunca mais foi o mesmo após uma explosão colossal reduzir a Lua a um crescente permanente. O responsável? Uma criatura misteriosa, com tentáculos e pele amarela, que impõe um ultimato à humanidade: ele destruirá a Terra em um ano, a menos que o governo aceite sua exigência peculiar. O ser deseja lecionar para a turma 3-E do colégio Kunugigaoka, um grupo de alunos marginalizados pelo sistema educacional rígido da instituição.

Enquanto tentam compreender os motivos da criatura — apelidada de Koro-sensei — os alunos da 3-E assumem a missão de assassiná-lo antes do prazo final. Armados com facas e munições especiais, eles descobrem que, por trás da ameaça de destruição planetária, Koro-sensei é um mentor dedicado, capaz de transformar a vida daqueles jovens desacreditados e ensiná-los lições que vão muito além da sala de aula.