Akihisa Yoshii é um estudante da Academia Fumizuki, uma escola nova e prestigiada que implementou metodologias educacionais únicas. Uma delas é o Exame de Classificação, que divide os alunos em turmas com base em suas pontuações, com os melhores indo para a Turma A e os piores para a Turma F. Quanto mais alta a turma, mais privilégios e luxos eles possuem. Yoshii, colocado na Turma 2-F, também é rotulado como o maior idiota da turma, para completar. O evento mais importante na escola é a Guerra de Testes de Invocação, possibilitada por tecnologia avançada onde os alunos invocam criaturas e travam guerra contra outras turmas por uma chance de conquistar os recursos dessa turma. Baka to Test to Shoukanjuu! narra a hilária história de Yoshii durante as batalhas da Turma 2-F contra as outras classes em sua ascensão ao topo.