Busou Renkin é a história do adolescente Kazuki Mutou, que morre tentando salvar uma garota que estava sendo atacada por um monstro sinistro. Na manhã seguinte, contudo, Kazuki se pergunta se tudo não passou de um sonho. Eis que a garota, o monstro e sua morte são todos reais! A garota, Tokiko Tsumura, estava na verdade tentando matar o homúnculo (uma besta que pode assumir a forma de humanos, mas cuja principal fonte de alimento são pessoas), mas Kazuki atrapalhou seu caminho. Para reviver Kazuki, Tokiko substitui seu coração por um "kakugane", um dispositivo alquímico que lhe permite invocar uma lança para combater os monstros. Descobre-se que Tokiko é membro da Renkin Kenshi (Soldados Alquimistas) — uma organização jurada a proteger o mundo das criaturas diabólicas. Em breve, Kazuki se junta a Tokiko em sua missão para eliminar o ser sinistro que cria e controla os homúnculos. One-shot incluído: Volume 10: Embalming: Dead Body and Bride