Takaki Toono e Akari Shinohara são amigos de infância próximos que nutrem sentimentos um pelo outro. No entanto, devido a certas circunstâncias, a distância entre eles começa a aumentar. Tendo prometido manter contato um com o outro, eles são desafiados pela distância e pelo tempo, mas seu amor inabalável permanece. Mesmo assim, as fortes emoções que sentem podem não durar para sempre. Byousoku 5 Centimeter é um drama que gira em torno das dificuldades de um relacionamento à distância. Apesar do tempo que passaram juntos ser nada além de uma memória distante, Toono e Shinohara se recusam a desistir de se ver novamente, ferindo assim, sem saber, aqueles ao seu redor.