Em 2010, o Sacro Império da Britânia invadiu o pequeno país do Extremo Oriente, o Japão. Em apenas um mês, a nação caiu diante das avançadas máquinas de guerra da Britânia, conhecidas como Knightmares, e o país foi rebatizado como Área 11. Após uma explosão levar seu irmão para um destino desconhecido, Nunnally Lamperouge, princesa exilada da Britânia, misteriosamente se vê no meio de um confronto entre britanianos e terroristas. Aleijada e cega devido a eventos passados, ela é salva por Nemo, uma estranha boneca falante que concede a ela um potente Knightmare pessoal e clarividência, também conhecida como Geass. Apesar da força de suas novas habilidades, Nunnally deseja apenas a paz. No entanto, o surgimento de mais usuários de Geass, o vigilante espectral Zero e outras forças violentas tornam a dura realidade do mundo muito clara para a frágil princesa.