Após os eventos na Escola Primária Tenjin, os sobreviventes tentam lidar com o incidente traumático. Embora a maldição tenha sido quebrada, eles perderam muitos amigos, que foram esquecidos por todos os outros. Qualquer um que pereceu na dimensão infernal foi apagado da existência. No entanto, nem todos são esquecidos, e é esse pequeno raio de esperança que leva dois dos sobreviventes a investigar a casa do culpado e descobrir a origem da maldição. Lá, eles encontram o infame Livro das Sombras, um tomo maligno que contém muitas maldições sombrias e, surpreendentemente, até mesmo um feitiço para ressuscitar os mortos. Sem outra opção, eles realizam o ritual, mas acabam com muito mais do que esperavam. Corpse Party: Book of Shadows acompanha esses dois sobreviventes enquanto eles desafiam o destino mais uma vez, ao mesmo tempo em que oferece um vislumbre das histórias interligadas de outros personagens da série.