A inocente Honey Kisaragi, de 16 anos, acaba de se transferir para uma escola católica feminina, onde encanta a todos ao seu redor, incluindo as professoras e sua nova melhor amiga, Natsuko Aki. Mais tarde naquela noite, Honey ouve seu pai, o famoso cientista Dr. Kisaragi, pedindo ajuda. A caminho, ela descobre que pode transformar magicamente suas roupas em diversos trajes. Ao chegar em casa, Honey encontra seu pai morrendo nos braços de um repórter chamado Seiji Hayami, que o havia entrevistado mais cedo. Através do robô de seu pai, Honey descobre que, na verdade, não é humana. Ela é uma androide especial chamada "Cutie Honey", construída com uma tecnologia inovadora que a permite mudar para sete formas diferentes. Como a tecnologia dentro de Honey pode converter partículas suspensas no ar em qualquer tipo de matéria, o Dr. Kisaragi foi alvo da organização Garra da Pantera, um grupo de ciborgues femininas clandestinas que cobiçam essa tecnologia para seus próprios fins. Agora, Honey deve proteger sua identidade secreta e vingar seu falecido pai, enfrentando qualquer obstáculo que a Garra da Pantera colocar em seu caminho!